La elección de una polimerasa de alta fidelidad es clave cuando la precisión importa: clonación, secuenciación o cualquier aplicación que no se pueda permitir errores.
Hoy repasamos algunos errores comunes al usar polimerasas de alta fidelidad.
1. Usar condiciones de PCR diseñadas para Taq
Uno de los errores más frecuentes es aplicar las mismas condiciones térmicas que se usan con una Taq convencional. Las polimerasas de alta fidelidad como AQ97 suelen tener diferentes necesidades, especialmente en cuanto a la temperatura de annealing y el tiempo de extensión.
Solución: Consulta siempre las recomendaciones del fabricante. Por ejemplo, AQ97 funciona de forma óptima con un tiempo de extensión de 15–30 segundos/kb y una temperatura de annealing adaptada al sistema hot-start.
2. Diseño de primers poco específico
La alta fidelidad suele ir acompañada de una mayor sensibilidad a condiciones subóptimas. Si los primers no están bien diseñados, puedes tener rendimientos bajos o bandas inespecíficas.
Solución: Usa herramientas de diseño actualizadas y asegúrate de evitar complementariedades internas o entre primers. En el caso de AQ97, que es una polimerasa robusta, contar con un diseño adecuado te asegura amplificaciones limpias incluso en plantillas complejas.
3. Omitir el paso de activación en polimerasas hot-start
Las polimerasas hot-start como AQ97 necesitan un paso inicial de activación a alta temperatura para funcionar correctamente. Si se omite o no se ajusta bien este paso, el rendimiento puede disminuir.
Solución: Incluye un paso inicial de 95°C durante 2 minutos para asegurar la activación completa de la enzima.
4. No ajustar la cantidad de polimerasa al tipo de muestra
Con enzimas de alta fidelidad no siempre más es mejor. Una concentración excesiva puede aumentar los productos inespecíficos.
Solución: Empieza con la cantidad recomendada por el fabricante (por ejemplo, 0.5 U por reacción de 50 µL con AQ97) y optimiza en función de la complejidad de tu muestra.
5. Ignorar la fidelidad como factor clave en aplicaciones sensibles
A veces se elige una Taq estándar por costumbre o presupuesto, incluso para aplicaciones donde los errores pueden comprometer todo el experimento.
Solución: Para aplicaciones como la clonación, mutagénesis dirigida o secuenciación, invierte en una enzima de alta fidelidad como AQ97, que tiene una tasa de error 50 veces menor que la Taq estándar. A largo plazo, ahorras tiempo y recursos.
¿Por qué AQ97 puede ayudarte a evitar estos errores?
AQ97 High Fidelity DNA Polymerase de Ampliqon ha sido diseñada para ofrecer:
- Alta fidelidad (tasa de error 1.6 × 10⁻⁶)
- Amplificación de fragmentos largos (hasta 19.8 kb)
- Robustez en plantillas difíciles
- Sistema hot-start que minimiza amplificaciones no específicas
Además, su formulación lista para usar y su buffer optimizado hacen más fácil evitar muchos de estos errores sin necesidad de ajustes complejos.
Trabajar con polimerasas de alta fidelidad requiere ciertos ajustes, pero con el enfoque adecuado, puedes aprovechar al máximo su potencia. Si estás cansado de PCRs fallidas o de obtener clones con errores, quizá ha llegado el momento de dar probar otra cosa.
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